روش طراحی آغازگر شبیه سازی PCR

شبیه سازی PCR یک فناوری بیولوژی مولکولی است که قطعات خاص DNA را تقویت و گسترش می دهد و به طور گسترده ای در زیست شناسی مولکولی و زمینه های مرتبط استفاده می شود.

در میان آنها ، آغازگر شبیه سازی PCR عامل مهمی در روند واکنش انبساط PCR است. بنابراین ، قبل از شروع آزمایش شبیه سازی PCR ، مهارت لازم برای تسلط بر روش طراحی آغازگر شبیه سازی PCR صحیح است.

روند طراحی آغازگر شبیه سازی PCR:

به عنوان مثال ، نرم افزار طراحی آغازگر Prime Premier 5.0 قدرتمند است و استفاده از آن آسان است. این می تواند طراحی آغازگرها را مقایسه و ارزیابی جامع کند. این یکی از رایج ترین نرم افزارها برای طراحی آغازگر است.

اقدامات احتیاطی برای طراحی آغازگر شبیه سازی PCR:

طول آغازگر اساساً بین 18-24 جفت باز حفظ می شود. اگر طول توالی آغازگر خیلی کوتاه باشد ، ممکن است گسترش یابد و بر سرعت گسترش شبیه سازی PCR تأثیر بگذارد. اگر طول آغازگر خیلی طولانی باشد ، کاهش آغازگر نمی تواند افزایش یابد ، اما توالی خیلی طولانی باعث عدم تطابق و کاهش سرعت انبساط شبیه سازی PCR می شود.

بنابراین ، مقدار مناسب Tm 55-80 درجه سانتی گراد است و اختلاف درجه حرارت شروع بین آغازگرهای بالادست و پایین دست باید در 10 درجه سانتی گراد باشد.

بنابراین ، محتوای GC از پسوند بر روی دمای ذوب الیگونوکلئوتید در طی فرآیند شبیه سازی PCR ، یعنی مقدار Tm تأثیر می گذارد.

به طور کلی ، محتوای GC از پسوند بین 40 تا 60 درصد است و اختلاف محتوای GC بین آغازگرهای بالادست و پایین دست در 20 درصد است که می تواند محتوای آغازگر را افزایش دهد.

اگر این اتفاق بیفتد ، ممکن است عدم تطابق در طی روند PCR رخ دهد ، که این امر بر صحت تقویت PCR تأثیر می گذارد.

پلت فرم Generalbiosystems از فناوری شبیه سازی اختراع شده برای کمک به مشتریان در شبیه سازی ژن هدف در هر موقعیت تعیین شده بر روی بردار مورد نظر بدون اتکا به سایت های محدود کننده بردار برای پاسخگویی به برنامه های مختلف طراحی شبیه سازی برای مشتریان استفاده می کند.